南京中医药大学学科分为ABC三类，具体：A学科有3个，分别为：中医学、中西医结合、中药学。

B学科有2个，分别为：护理学、药学。C学科1个，为公共管理。南京中医药大学就业很好的是护理专业，药学专业还不错，经管也不错。就业前景也可观，可能要比中医学、中西医结合专业还要好一点。南京中医药大学口碑也不错，尤其是该大学的经管院就业率一直不比其他专业差；该大学的药学院也很好。