性质不同、专业不同、级别不同。

一、性质不同1、区域一流大学：区域一流大学是指区域性、地区性层面的具有一流本科教育、一流博士生教育，培养出一流人才的大学。

2、区域高水平大学：区域高水平大学是指地区性、区域性层面的属于“领头羊”的大学。

二、专业不同1、区域一流大学：区域一流大学大部分的专业是一流。

2、区域高水平大学：区域高水平大学少部分的专业是一流。

三、级别不同1、区域一流大学：区域一流大学的级别较高，受到国家财政长期重点投入、重点支持、重点倾斜、重点建设。

2、区域高水平大学：区域高水平大学的级别较低，通过“双一流”、“特色重点学科项目”、“省部共建大学”、“2011计划”、“部省合建大学”等国家层面的工程建设提升为区域一流大学。

高水平大学是省级的，双一流大学是国家级重点大学，