三年有效期是注册的有效期。

《执业医师注册暂行办法》提到的：第十条执业飞师注册有效期为三年。持证者须在有效期满前三个月到原执业医师注册机构申请办理再次注册手续。超过期限，不办理再次注册手续的人员，其《执业医师注册证》自动失效。