食品药品监督管理局属于政府序列部门，下设药检所及稽查大队，属于药监局下设的事业单位，不属于公务员，局机关属于公务员。

卫生监督所属于卫生局下设的参照公务员管理的事业单位。两家机关均有执法职能。现在的公务员实行级别工资，无所谓待遇好坏。相对来说，还是药监局好点。