5个。

深圳有5个港口：蛇口码头、福永码头、盐田码头、赤湾码头、妈湾码头。

1、蛇口码头蛇口客运码头，始建于1981年。

2016年10月30日蛇口客运码头正式停运。结束了35年的客运服务。蛇口客运码头业务搬至蛇口邮轮中心。

10月31日，蛇口邮轮中心正式开门营业，市民可在此坐船前往香港、澳门和珠海。

2、福永码头深圳机场码头（旧称：福永码头/深圳机场福永码头），英文名：Shenzhen Airport Ferry Terminal，位于深圳宝安国际机场西南位置，距机场T3航站楼仅2公里。

3、盐田码头盐田港（Yantian Port），是中国广东省深圳市港口，位于深圳市南大鹏湾北岸，西临沙头角，西北经24千米铁路达深圳市，东至惠州72千米，南为小梅沙。

4、赤湾码头赤湾港在深圳经济特区西部的南头半岛顶端，位于珠江口东岸，距香港在20海里。距珠海、澳门在50海里，水、陆路距广州约150公里。

5、妈湾码头深圳妈湾港区该港区内主要有海星港口发展有限、深圳乐意液体仓库仓储有限公司、深圳月亮湾油料港务有限公司、南油港口仓储发展有限公司、深圳市沪星拖轮有限公司、深圳市能源港务有限公司等，其主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。

深圳一共有四个港区，盐田港区是和记黄埔的旗下港口，是李嘉诚注资的，属于港企！赤湾和蛇口码头是招商局旗下的企业，还有一个新的港区叫大铲湾码头，是港企背景。深圳四个港区合称为深圳港，为世界四大港口之一，深圳四个港区盐田最大。口岸：罗湖、福田、皇岗、深圳湾、福田、文锦渡、沙头角、盐田港、大亚湾、蛇口、妈湾、东角头、 梅沙、 宝安国际机场这些口岸。 海关：罗湖海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关、蛇口海关、大鹏海关、机场海关、笋岗海关、梅林海关、福田保税区海关、南头海关、同乐海关、沙湾海关、布吉海关、惠州海关、惠州港海关、惠东海关、深圳湾海关。码头：蛇口码头 福永码头、妈湾码头、东头角码头

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深圳海运港口形成了蛇口、赤湾、妈湾、盐田、东角头、福永、沙鱼涌、下洞、内河九个港区。

其中，盐田港是全国集装箱吞吐量最大的单一港区，也是目前中国大陆远洋集装箱班轮密度最高的单个集装箱码头。