普通发票记账联和存根联丢失，属于发票保管不当，按照规定是要处罚的。

不过，开具发票的问题往往出在发票联，所以，你可以复印一份发票联，附带一份文字说明，这样的话，能证明这份发票的真实性，税务机关一般不查，即使查到也可以协商免除。我说的是现实工作，不是规定，按照规定是可以处罚的。