这两个专业的高级职称虽然都是大农业系统，也都属于高级科技人员和专家，但在细系列划分上，区别还是很大的。

高级农艺师主要是研究玉米、小麦、水稻以及蔬菜类植物科研的。而高级畜牧师主要是对猪、马、牛、羊等畜牧动物的防疫、品种改良的研究。一个是研究植物学，一个是研究动物学。例入水稻专家袁隆平，在水稻高产研究有大的突破，为人类做出了重大贡献。但对畜牧业，袁老就可能是外行了。

二者职称相同但专业不同，高级农艺师是农学专业，高级畜牧师必须是畜牧专业。

二者的区别是，高级农艺师是负责种植业方面的技术工作，而高级畜牧师是负责畜牧业的技术工作。