所有的南医大新生都是在江宁新校区开始学习的（七年制要第二年才会过来），所以除了第二临床医学院和第三临床医学院以外，其他学院的基础教学都在江宁校区。

主要有：第一临床医学院、第四临床医学院、基础医学院、护理学院、医政学院、公共卫生学院、药学院、口腔学院、外国语学院、国际教育学院、康达学院、继续教育学院等