使用从收入中计提的专用基金支付相关费用时，预算会计应借记“事业支出”等支出类科目，贷记“专用基金”科目。

根据《政府会计制度——行政事业单位会计科目和报表》（财会〔2017〕25 号）的相关规定，事业单位从非财政拨款结余或经营结余中提取的专用基金，在提取时，借记“非财政拨款结余分配”、“经营结余”科目，贷记“专用基金”科目；使用从收入中计提的专用基金支付相关费用时，按照实际支付的金额，借记“事业支出”等支出类科目，贷记“专用基金”科目。需要注意的是，不同的事业单位可能会有不同的会计处理方法，具体的会计处理应根据单位的财务制度和相关法规进行。如果你需要更准确的答案，请提供更多的背景信息和上下文。