中医针灸研究院是否合法，需要具体情况具体分析。

合法的中医针灸研究院需要经过相关部门的审批和登记，具备相应的资质和条件。但也存在一些非法的机构，打着中医针灸研究院的旗号进行非法活动。要确定其是否合法，可以通过查询相关部门的登记信息、了解其运营情况等方式来判断。

针灸行业是中华之宝，自然合法。