铁路工程应该使用交通部颁发的注册监理工程师证书，因为根据隶属关系，铁道部撤销后，铁路局放在交通部，那么铁路的工程由交通部统管，那么工程的监理也是要接受交通部的管理，所以要使用他们颁发的监理证书。