线粒体DNA是线粒体中的遗传物质，线粒体能为细胞产生能量（ATP），是在细胞线粒体内发现的脱氧核糖核酸特殊形态。

线粒体是为细胞提供能量（ATP）的细胞器。一个线粒体中一般有多个DNA分子细胞核中DNA是脱氧核糖核酸,而基因是上面的有效片段,DNA上有大量的基因,成对出现的,控制显隐性状，DNA和蛋白在一起组成染色体细胞核中的DNA是用来做遗传密码和合成蛋白质用的，而线粒体中的DNA是自己携带的与细胞核中的不同，线粒体有自己的一套遗传系统，能按照自己的DNA编码合成一些蛋白质。

线粒体DNA （Mitochondrial DNA,mtDNA)：线粒体中的遗传物质，线粒体能为细胞产生能量，是在细胞线粒体内发现的脱氧核糖核酸特殊形态。线粒体DNA呈双链环状，在哺乳动物中大小一般在15kb～18kb之内。一个线粒体中一般有多个DNA分子。

叶绿体DNA（chloroplast DNA;ctDNA）：叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子，其长度随生物种类而不同，其大小在120kb到217kb之间。叶绿体DNA不含5-甲基胞嘧啶，这是鉴定ctDNA及其纯度的特定指标。通常一个叶绿体含有10~50个DNA分子。