A公司的账户应该是B公司在该工程项目新开的账户，这个账户不论是B公司派人来管理还是A公司自己管理，一切账务处理都是以B公司的名义，A公司没有一分钱关系。

内帐就只作应收款和应付款的流水账即可。没有人来查A公司的帐，因A公司不具备法人资格。