收甲方工程款时，首先要确认款项的来源和金额是否与合同一致。

然后，将收款记录登记到账簿中，包括收款日期、金额、款项性质等信息。同时，开具收据或发票给甲方作为付款凭证。在账簿中记录下收据或发票的编号和相关信息。最后，将收到的款项存入公司银行账户，并及时更新账簿和财务报表。确保账目清晰、准确，以便日后核对和审计。

借：银行存款， 贷：工程收入， 贷：应及税金一应交增值税(销项税)