为了准确的表述物质的化学结构，通常使用其化学命名。

化学名称可参考国际纯化学和应用化学会（IUPAC）公布的有机化合物命名原则及中国化学会公布 的“有机化学物质系统命名原则”进行命名。基本原则是从化学结构选取母体，将母体以外的其他部分作为取代基，注意手性化合物也需要规定其立体构型或几何构型。如“6-[D-（-）2-氨基-苯乙酰氨基]青霉烷酸”、“11β，17α，21-三羟基孕甾-4-烯-3,20-二酮”。

化学名就是以化学学科的角度来说的名字，比如水银，因为是银色、液状的物质所以叫水银，但它的化学名称是汞。