1、PCR在体外进行，转录在体内进行。

2、PCR时经历3个阶段：94度变性，30-55度退火，72度延伸。转录的话一直是在体温条件下进行的。PCR所用的是耐高温的DNA聚合酶，而体内转录用的是普通的DNA聚合酶。另外体内转录时还需要解旋酶等的参与。

3、PCR所用的引物一般是DNA组成的，体内转录的引物是RNA组成的，转录完之后会被降解。