一等船长与二等船长的主要区别是操纵船舶的大小。

一等船长适任证书是指适用于3000总吨及以上的船舶。二等船长适任证书是指适用于500总吨及以上至3000总吨的船舶。船舶的大小直接影响其操纵性能。比如因惯性影响的冲程长度、船舶回转圈半径等。