新校区靠近第二附属医院，包括公共卫生学院、护理学院、临床医学院（三本）。

安徽医科大学分两个校区，校本部在梅山路，包括研究生学院、基础医学院、口腔学院、药学院、以及第一临床学院（一本），靠近安徽医科大学第一附属医院。