1、使用范围不同：省直公积金可以用于在全省办理住房贷款、租房;而市直公积金只能在该市使用。

2、缴纳比例不同：省直公积金的缴纳比例要比市直公积金的缴纳比例要高一些。

3、针对对象不同：省直公积金一般是针对企事业单位、省级管辖的机关单位职工;而市直公积金更多的是针对私营企业的职工。

4、组合贷款还款方式不同：省直公积金办理组合贷款时，可以先还商贷部分，再还公积金贷款的部分;而市直公积金办理的组合贷款，必须要按照一定的比例同时还款。