1904年云南农业职业技术学院前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂。

2002年，经云南省人民政府批准，由原云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院。

2018年，云南省种畜繁育推广中心、云南省种禽繁育推广中心和云南省原种猪繁育推广中心并入学院，并加挂云南省种畜繁育推广中心。

1904，云南人民政府批准，国家教育部备案全日制公办普通高等学校