个体教育机构由市场监管局和教育局进行双重管理。

个体教育机构从事经营活动的管理，由市场监管局进行监督管理。而从事教学任务的行政许可行为，则由教育局进行管理。个体教育机构既要在市场监管部门取得从事经营活动的营业执照合法凭证，也要从教育局领取教育机构办学许可证的许可证件。因此，个体教育机构由市场监管局和教育局双重管理。