两者之间有根本的区别。

好好吃是说教的语气，有管教和教训的意味，多用来说孩子吃饭时要专心，不要闹或者是挑三拣四的，吃饭就要好好吃；而特别好吃是形容词，形容吃的东西，或者今天的饭菜做得很合口味，是自己最喜欢吃的，所以觉得特别的好吃。

一个是三个字，一个是四个字，其中有一个好和特别是不同的字

好好吃就是小心的吃，特别好吃就是很好吃的意思，两者相比较，特差好吃的喜欢程度更深一层，再加上特别好吃是褒义词是对食物的认可，再加上一个是三个字一个是四个字，其中有一个和特别不是同一个字不是一个概念，根本不需要区分是什意么思