合工大比南农大强。

合肥工业大学是教育部直属、于安徽省共建的双一流高校。合工大原来隶属于国家机械工业部，以工科为主，其机械工程、电力系统与自动化、管理科学与工程等学科很强，1960年就是全国重点大学，全国高校排名在60～70之间。南京农业大学也是教育部直属并与江苏省共建的双一流高校。南农大原名南京农学院，以农业科学为优势，全国高校排名在120～140之间。两校在性质上有差别，但综合比较办学实力、学校声誉、社会知名度、博士学位点等，合工大强一些。

同样都是211，专业方向完全不同，只能说都挺强的