增值税专票抵扣系统内操作的流程是必须完成确认后系统才能生成抵扣信息。

如果不在系统里进行确认，那么增值税专用发票只是一个已勾选状态，而不是已抵扣。换句话说，在增值税专用发票抵扣系统没有进行确认的话，就相当于没有完成流程的操作。发票肯定是不能进行抵扣的。