A、基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源，能为生物进化提供原材料，A正确；

B、等位基因分离没有产生变异，不能为生物进化提供原材料，B错误；

D、基因的作用组合属于基因重组，能为生物进化提供原材料，是生物变异的重要来源，D错误．

故选：A．