吉首大学有六个校区，其中位于吉首市的有大田湾校区、石家冲校区、砂子坳校区、雷公井校区这4个校区；位于张家界市的有2个校区，分别是三角坪校区、热水坑校区。

吉首大学有如此多的校区，是因为目前的吉首大学在发展过程中，合并了多所学校。