吉首大学张家界校区和张家界学院的区别如下：地理位置：吉首大学张家界校区位于张家界市永定区，而张家界学院则位于吉首大学张家界校区内。

办学层次：吉首大学张家界校区是吉首大学的一个分校区，其招生层次为一本，属于吉首大学本部管辖。而张家界学院则是吉首大学的独立学院，其招生层次为三本，独立招生，独立管辖，只是依托于吉首大学的教学资源。综上所述，吉首大学张家界校区和张家界学院在地理位置和办学层次上存在区别。