1、买卖倾向不同：科贸公司是科学研究和贸易的公司，当然主要做技术含量比较高的买卖；商贸公司是专门做买卖的公司，不设计加工制造领域。

2、销售产品不同：科贸有限公司主要做销售业但是以科技产品方面为主；商业零售企业是指设有商品营业场所、柜台、网络店铺，不自产商品、直接面向最终消费者的企业，包括直接从事综合商品销售的百货商场、超级市场、零售商店等。

主要区别是贸易产品不同。

科贸公司贸易产品科技含量高，主要经营产品设计方案、产品研发、各类技术咨询等。

商贸公司贸易产品科技含量偏低，主要经营常规生产、生活物资。