学校前身为创办于1866 年的中国近代官办第一所高等实业学堂——福建船政学堂。

1994年福建船政学校搬迁至仓山，后合并到福建交通职业技术学院；

2006年12月，被教育部、财政部确定为全国首批28所“国家示范性高等职业院校”建设单位之一；

2009年12月，顺利通过了教育部和财政部组织的“国家示范性高等职业院校”项目验收；