萌学园自然系主要有以下几个专业方向：

1. 生物学专业：主要研究生物的组织结构、功能、发育、进化等方面的知识，涉及植物学、动物学、微生物学等领域。

2. 地理学专业：主要研究地球表面的自然环境、地貌、气候、资源分布等方面的知识，涉及人文地理学、自然地理学等领域。

3. 环境科学与工程专业：主要研究环境污染防治、资源利用与保护、环境评价与规划等方面的知识，涉及环境化学、环境生物学、环境工程等领域。

4. 水利工程专业：主要研究水资源的开发利用、水文学、水力学、水利工程设计等方面的知识，涉及水资源工程、水利水电工程等领域。

5. 农学专业：主要研究农业生产、农业资源利用、农业生态环境等方面的知识，涉及植物保护、农业经济管理等领域。以上是萌学园自然系常见的专业方向，具体专业设置可能会根据学校的具体情况而有所不同。