铅笔盒的部首有三个。

因为铅笔盒是三个字组成，那它的部首就是三个。首先“铅”这个字它的部首是左边的金字旁“钅”，第二个字“笔”它的部首是上面的竹字头“⺮”，最后一个字“盒”，它的部首是下面的皿字底“皿”。所以这个词有三个部首。大家可以通过字典自己去查一查。