(1)基因组含有的基因在特定的组织细胞中只有一部分表达，而且处在不同环境条件、不同分化时期的细胞其基因表达的种类和强度也不尽相同，所以cDNA文库具有组织细胞特异性。

(2)cDNA文库显然比基因组DNA文库小得多，能够比较容易从中筛选克隆得到细胞特异表达的基因。 (3)对真核细胞来说，从基因组DNA文库获得的基因与从cDNA文库获得的不同，基因文库所含的是带有内含子和外显子的基因组基因，而从cDNA文库中获得的是经过剪接、去除了内含子的cDNA。