申请中考体育1000米免考，考生需要遵循以下步骤：

1. 准备证明材料。

对于因残疾或严重伤病而长期不能参加体育活动的考生，需要学校和县级以上医院出具的证明；对于平时能参加体育活动，但因突发生理疾病或意外伤害一周内不能参加考试的考生，同样可以申请免考；对于患有肥胖、心血管病等不宜长跑的学生，也需要学校和县级以上医院出具的证明。

2. 填写申请表。考生需要填写体育与健康学业考试免试申请表，并附上1寸免冠彩色照片。

3. 提交申请。考生在规定时间内，将填写好的申请表、相关证明材料以及成绩证书等提交给报名点学校，由学校进行初步审核，并在校内公示3天。

4. 审核和批准。经过学校和区市教育部门的审核，最终由市体育中考领导小组办公室决定是否批准免考。需要注意的是，考生必须在规定时间内完成所有申请和提交流程，逾期可能无法申请免考。此外，考生还需要关注当地教育部门发布的最新通知，以获取最准确的申请信息和流程。