在巴氏消毒时，将分配系统纯化水加热到80℃，保温进行循环，循环保温40~60分钟，使得微生物在高温条件下被杀灭。

巴氏消毒完成后把纯化水罐水排掉，启动纯化水设备把纯化水罐产满水，开启回水不合格阀，关闭回水合格阀，开启供水泵把循环管道内消毒后的纯化水全部排出，系统开启时为自动运行。需要说明的是经巴氏消毒后，仍保存小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，因此，巴氏消毒不是“无菌”过程。

巴氏消毒法是将混合的原料加热，直到温度达到68～70℃的时候，保持这个温度30分钟的时间，然后对物品进行急速的冷却，到4-5℃。 经此法处理后，可杀灭致病性细菌。