二者的主要区别就是，市直机关各单位指的就是市级的行政单位，比如说各级的党委、政府办公室等等行政机关。

而市直属各单位则既可以指市级的行政单位，也可以指市级的各种事业单位。比如说学校、医院等等都在市直属各单位的范围当中。