是的，星巴克在南京设有总部。

按照星巴克官网上的信息，其中国运营总部位于上海，但是在中国各大城市都设有分支机构，包括南京。在南京，星巴克的分支机构位于中山东路188号紫峰大厦A座28楼，提供支持服务和管理工作。