淮南医学高等专科学校在专科层次，它与安徽医学高等专科学校联合办学，开设有5个五年制高职专业，在本科层次，它是安徽中医药大学在淮南市唯一的函授站，负责护理，药剂，推拿等本科阶段教学和管理任务。