两所学校各有特色和优势。

湖州学院是一所综合性大学，拥有完善的师资力量和教育资源，注重学生全人教育和实践能力的培养。而衢州学院则以工科为主打学科，其中的机械设计制造及其自动化专业在全国高校中处于领先地位。此外，衢州学院还注重教学创新和科研成果转化，能够帮助学生更好地掌握实际应用技能。因此，选择哪所学校需要根据自身学习需求和兴趣所在进行选择。