民办学校非营利性质的按照《民间非营利组织会计制度》进行财务核算、营利性质的民办学校按照《企业会计制度》进行财务核算。

比较常用的会计科目有：

负债类科目：包括应缴预算款、应交财政专户、借入款项等二级科目；

所有者权益类科目：包括固定基金、事业结余、经营结余、事业基金、结余分配等二级科

非营利民办学校的账务要本着财务公开的原则，接受本校核查及主管部门审计