两个馆各有特色，上海科技馆是自然科学技术博物馆，天文馆是主要以天文为主题的专业博物馆。

上海科技馆是具有中国特色、时代特征、上海特点的综合性的自然科学技术博物馆，是对公众进行科普教育的公益性机构，是中国重要的科普教育基地和精神文明建设基地。上海天文馆以“连接人和宇宙”为展示主题，设置“家园”“宇宙”“征程”三大主题展区、“中华问天”“好奇星球”“航向火星”三个特色展区及教育活动区。馆内藏有约70件陨石样本与超过120件/套文物藏品，配有四大专业级天文观测及天象演示设备，共计展品300余件。

两个馆展示的题材不一样。天文馆专业性强。科技则更加广泛。