福建农业职业学院福清校区共有12个专业，分别为：园林技术、生物制药技术、动物医学、农产品加工技术、食品科学与工程、林学、土壤与肥料、植物保护、农业机械化及其自动化、农村区域发展、旅游管理、中草药栽培及应用。

这些专业覆盖了农、林、医、工、管等多个领域，培养了一批批具有实践能力和创新能力的高素质人才，为当地地方经济发展做出了重要贡献。同时，学院还不断开拓新专业，为适应社会需求提供更多优质的教育资源。

在福清相思岭的院部校区有：

1、畜牧业类；

2、电子商务；

3、软件技术；

4、工程造价；

5、建筑工程技术；

6、园林工程技术；

7、园林技术；

8、园艺技术；

9、休闲农业；

10、计算机类；11、生物技术类；12、食品工业类；这12个专业是面向高中招生。

面向中职招生的有：

1、电子商务；

2、园林技术；

3、畜牧兽医；

4、宠物养护与训导；

5、动物医学；

6、动物防疫与检疫；

7、食品营养与检测；

8、计算机应用技术；

9、园林工程技术。