层次上有区别。

虽然一级主任科员和二级主任科员都是正科，但因为主任科员是套二级主任科员，任职满两年后才能晋升一级主任科员，因此在层次上一级主任科员要高于二级主任科员。更明确的解释，可以这样理解：二级主任科员是小正科，一级主任科员是大正科;二级主任科员相当于原来的正科非领导职务，一级主任科员相当于原来的正科领导职务。