员工自离可以申请保密协议赔偿金的，如果是和公司签了保密协议的，他私自离职，公司可以申请保密协议赔偿金的，自离员工向公司赔偿保密协议赔偿金的，现在很多公司在入职的时候，保密保密协议的，如果员工违反了自己，自己离职，需要向公司赔偿的。

员工自动离职不可以申请保密协议补偿金，如果员工在离职期间发生保密协议中事项泄密的，劳动单位可以向员工追讨补偿金。