是会影响学分的。

能毕业，但是学分会比别人少点，没有影响；只要达到学校要求学分就可以。不同学校规定不同，有些学校没有军训成绩是不给毕业证的，但有些学校可以在别的地方补回来，只要学分满了就可以毕业。不同的学校情况不同，也可以咨询学校老师。

理论上是会扣2学分的，但是如果有区级以上医院证明不可以参加军训，是不会扣学分的。所以放心吧！希望你好好珍惜高中生活哦