东南大学和南京航天航空大学不是一个档次，东南大学档次高。

东南大学是教育部直属全国重点大学，国家985工程，双一流建设高校A类，南京航天航空大学是国家211工程大学，双一流学科建设高校，航天工业部直属全国重点大学，虽然档次比东南大学低，也是相对而言，也是很好的高校。