南京大学和东南大学都是国内著名的双一流高校，综合实力上南京大学稳居全国前10，东南大学综合实力稍逊于南大。

两所大学侧重点和专业不同，其中南京大学重点的专业有经济学、新闻学、地质学、软件工程、水文与水资源工程等，其次东南大学重点的专业有电子科学与技术、软件工程、建筑学、土木工程、交通工程等。