中科大是中国科学院直属的双一流建设高校，一直走精细化办学路线，多年来只有一次合并而且只合并了一所高校。

中科大校址安徽省合肥市，在1999年根据国家安排，中科大接受了被撤销的合肥烟草学院。合肥烟草学院原是中国烟草总公司创办的唯一一所高校，办学实力较强，主攻经济管理。合肥烟草学院撤销并入中科大成为中科大的工商管理系科，嫁接中科大的计算机专业新设了金融工程专业。原合肥烟草学院校址现在是中科大的南区。

中科大合并了有中国科学情报大学和合肥经济学院等两所学校。

中科大是目前国内大学中为数不多的没有合并的大学之一，另外还有天津大学。