南京大学哲学系的前身是中央大学哲学系和金陵大学的哲学系，创立于1920年。

迄今已发展成为人才培养层次完备，师资力量雄厚，学科比较齐全，研究成就显著，在国内外有重要影响的哲学教学与研究基地。该系教师胡福明在1978年撰写的《实践是检验真理的唯一标准》一文在当时的思想解放运动中产生了历史性重大影响，并直接成为改革开放的理论先声。

2018年12月10日，荣获首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。

不属于哪个学院，单独哲学系存在。