1995年6月27日，经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学四所学校合并组成佳木斯大学。

1996年11月21日，佳木斯大学正式挂牌启动；2000年5月，佳木斯市粮食干校并入；2003年5月，富锦师范学校并入；2003年12月，黑龙江省理工学校并入。