北京中医药大学校徽图案由蛇、手杖、杨柳枝和心形外框组成。标志中央“蛇与手杖”图案是国际通行的医药卫生标志。蛇象征智慧。手杖变形为针形，象征东西方医学的交流与融合。杨柳枝象征生命和吉祥，也是天然药用植物的代表，并寓意中医药人才的茁壮成长。

标志的整体寓意为：北京中医药大学以德行和智慧培育英才，以仁爱之心包容四海，以中国医药造福人类。